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纠错胰腺癌转录组实战2sra转fastq [复制链接]

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白癜风如何治愈         https://m-mip.39.net/nk/mipso_4626906.html

胰腺癌转录组实战2:sra转fastq格式、质控

问题代码

生成批量代码

ls~/data/sra/GSE/SRR*

whilereadiddoecho"fastq-dump--gzip--split-e-X-O${fqdir}${id}"donesra2fq.sh

纠错方式:

删掉-X这一句

因为fastq-dump这个命令,-X参数是这个意思:

-X是为了演示方便,加快速度,实际我们是要拆分所有reads的

怪不得后面我得到的counts值非常低,估计就是这个问题

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